Revista de farmacogenómica y farmacoproteómica

Abstracto

Variantes supresoras del ARNt de selenocisteína en el genoma completo de Methanopyrus kandleri AV19

Uttam Roymandal, Shib Sankar Das, Riya Rakshit y Satyabrata Sahoo4*

En Archaea, estudios previos han revelado la presencia de múltiples ARNt que contienen intrones y ARNt divididos. El análisis completo y sin expurgar de los genes de ARNt de Archaea sigue siendo una tarea desafiante en el campo de la bioinformática, debido a la presencia de varios tipos de genes de ARNt alterados en Archaea. Aquí sugerimos un método computacional que busca genes ampliamente separados que codifican mitades de ARNt para generar variantes supresoras de ARNt faltantes. Considerando la existencia de genes de ARNt divididos ampliamente separados a lo largo del genoma, desarrollamos nuestro algoritmo de búsqueda de ARNt para predecir dichos genes de ARNt separados mediante la búsqueda tanto de un motivo terminal conservado 5' y 3' de ARNt de acuerdo con la hipótesis de división sobre la base de la predicción de hoja de trébol y la determinación precisa in silico de la estructura secundaria abultada-hélice-abultada en los sitios de empalme. Mediante una búsqueda exhaustiva de genes de ARNt faltantes, caracterizamos nuevas variantes de ARNt de selenocisteína que se habían encontrado insertadas en Methanopyrus kandleri AV19. El análisis de la secuencia completa del genoma de M. kandleri AV19 reveló el modo múltiple de transcripción de un ARN no codificante que decodifica UGA para leer selenocisteína (Sec) y sugirió un estudio adicional de los genes de ARNt alterados 002E.