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Abstracto

Verificación de métodos de aislamiento de ADN para análisis NGS-HERC

Vanja Raščanec

Antecedentes-objetivo: La secuenciación de próxima generación (NGS) en oncología comienza con material de muestra inicial de alta calidad para obtener resultados NGS confiables y luego un análisis de datos preciso. Aquí presentamos una breve verificación de los datos del fabricante de tres métodos diferentes de aislamiento de ADN de la misma muestra en la que el rendimiento de ADN se correlaciona con el número de linfocitos. Métodos: Se recolectaron muestras de sangre completa en tubos EDTA de pacientes remitidos para pruebas de panel de cáncer hereditario (HERC) NGS en la plataforma Illumina MiSeq. Proporcionamos números en 30 pacientes. El número de linfocitos se determinó en el analizador Sysmex XN-1000. El ADN se aisló de 200 µL de sangre completa o capa leucocítica utilizando el kit Qiagen QiaAmp DNA Blood Mini Kit para aislamiento de ADN y también de sangre completa en QIAcube. La concentración se midió en el espectrofotómetro NanoDrop™ Lite y Qubit4. Resultados: De acuerdo con los resultados obtenidos, establecimos el protocolo de uso del método de aislamiento de ADN óptimo para el análisis NGS en pacientes oncológicos. Comparamos la concentración de ADN de tres muestras de partida y métodos diferentes. Si el recuento de linfocitos es inferior a 1,0 x 109/L, la muestra óptima es la capa leucocítica y el método QiaAmp. Si el recuento de linfocitos está entre 1,0 y 2,5 x 109/L, la muestra óptima es la sangre completa y el método QiaAmp. En los casos en que el recuento de linfocitos es superior a 2,5 x 109/L, se puede realizar el aislamiento con QIAcube para obtener ADN de alta calidad y una concentración mínima de ADN de 30 ng/µl suficiente para el análisis NGS que sigue. Conclusión: Teniendo en cuenta el número potencialmente bajo de linfocitos en pacientes oncológicos, desarrollamos un protocolo óptimo para el aislamiento de ADN utilizando diferentes muestras de partida y métodos para garantizar una muestra de ADN válida para el análisis NGS.

Descargo de responsabilidad: este resumen se tradujo utilizando herramientas de inteligencia artificial y aún no ha sido revisado ni verificado