Las enfermedades de los peces tropicales pueden ser causadas por bacterias, hongos o parásitos. Las enfermedades de los peces tropicales que se ven comúnmente son la septicemia, la enfermedad del algodón, la hidropesía, la podredumbre de las aletas, la ictericia, la infección de la vejiga natatoria, el ojo saltón, el agujero en la cabeza, etc.
Estas enfermedades se pueden tratar con sulfato de kanamicina, sulfato de neomicina, Pimafix, Melafix, Contrast, Fungistop, Waterlife Cuprazin, Waterlife Myxazin, Waterlife Protozin, Waterlife Sterazin. Las infecciones parasitarias se pueden tratar elevando la temperatura del tanque.